维码支付的安全问题将会影响到二维码支付市场的发展。而从二维码支付的流程来看，从最开始的条码制作，到传导，再到最后由商家或企业向用户发布，整个流程都应该是监控的范围。这样才能有效避免病毒程序以二维码为伪装，或者商家利用二维码恶意盗刷现象的出现，进而保证用户所扫描的二维码可信与安全。
而对于用户而言，扫码支付手续费，也应加强支付安全方面的自我保护意识，在使用手机作为支付终端时，不应随便扫描不明来源或他人发送的二维码，从而保障自身的支付安全。
对于二维码支付被叫停，当时央行称，线下条码 (二维码)支付突破了传统受理终端的业务模式，目前有关技术，终端的安全标准尚不明确，相关支付撮合验证方式的安全性尚存质疑，存在一定的支付风险隐患。“不过，当年央行的‘暂停’并非叫停和取消。”有业内人士表示，扫码支付结算成本，事实上，扫码支付到账时间，支付宝、微信等支付机构的二维码支付相关业务一直以来并没有停止，扫码支付，“近年来，随着支付技术提升、账户实名制落实等，重启二维码支付条件已经基本成熟。”
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